焦文标，华中农业大学信息学院教授、博士生导师，果蔬园艺作物种质创新与利用全国重点实验室、湖北洪山实验室、农业生物信息湖北省重点实验室固定研究人员，先后获国家级、省级等人才项目资助。

       本课题组依托果蔬园艺作物种质创新与利用全国重点实验室、湖北洪山实验室等，以马铃薯、柑橘等园艺作物为主要研究对象，基于高通量组学技术（如三代测序、单细胞组学、时空组学等技术）和深度学习等人工智能技术，开发生物信息学算法，以解决基因组组装、遗传变异与泛基因组、基因组进化、共性调控元件挖掘与智能设计等领域的关键问题；为园艺作物的遗传改良和品质创新提供理论指导。本课题组主要研究成果发表在Nature Genetics, Genome Biology, Genome Research, Nature Communications, Molecular Biology and Evolution等期刊上。

       欢迎有生物信息学、生物学、计算机科学、统计学等相关学科背景的本科生、硕士/博士研究生、博士后等加入我们课题组。本课题组长年招聘博士后，欢迎邮件联系。

主要研究兴趣：

1. 基因组组装、遗传变异与泛基因组等算法开发与应用 Development and application of algorithms for genome assembly and graph pangenomes

   1）Genome Assembly  针对杂合二倍体、同源多倍体等复杂基因组，开发单倍型组装、Telomere-to-Telomere(T2T)组装算法，以获得高质量的柑橘、马铃薯等杂合二倍体或多倍体的完整单倍型序列。（Jiao et al., Genome Res. 2017; Sun et al., Nat. Genet. 2022; Xiao et a., Horti. Res. 2023）

   2) Graph Pangenome 基于图形泛基因组理论，开发快速、高效、经济的遗传变异分型算法，解决当前算法对植物复杂变异分型效果较差的难题，并应用于柑橘、马铃薯等杂合二倍体和多倍体园艺作物，以及玉米、小麦等大型基因组的各类遗传变异（SNP、Indel、SV）的分型。（Du et., Genome Biology 2024）。

   3）Population Genomics 通过大规模鉴定植物基因组遗传变异，开发比较或进化基因组学算法（例如：共线性多态性Syntenty diversity、跨物种超级泛基因组），解析基因组进化机制和遗传变异功能效应（如遗传不亲和） (Jiao et al., Nat. Communi. 2021；Jiao et., Mol. Biol. Evol. 2022; Du et al., Plant Communications 2024)。

2. 园艺作物多组学大数据与智能设计育种 Multi-omic  bigdata and AI-guided breeding for horticultural crops

   1) 马铃薯多组学与智能设计育种：通过组学算法的创新，如多倍体基因组单倍型组装、多倍体遗传变异识别与分型、多倍体GWAS & GS、多倍体基因组深度学习模型等，助力多倍体马铃薯种质资源基因型鉴定、功能基因挖掘、基因组智能设计育种等。

   2) 园艺作物共性调控元件的挖掘与应用：综合利用转录组、调控组、单细胞和时空组学等多组学技术，挖掘园艺作物共性性状的调控元件和网络；开发深度学习模型，智能设计与优化调控元件。

   3) 园艺大数据平台构建与维护：通过与本室其他课题组的合作，共同构建园艺作物多组学大数据整合分析与研究平台。